- 11話 ピアノソナタ「月光」殺人事件
- シリーズ初の1時間スペシャル。月影島を舞台に呪われたピアノにまつわる殺人事件が発生する！
- 52話 霧天狗伝説殺人事件
- 霧天狗の昔話が残る山寺で和尚が殺された！コナンは伝説になぞらえた大がかりなトリックに挑む。
- 76話 コナンVS怪盗キッド
- 怪盗キッド初登場！黒真珠“ブラックスター”をめぐり、コナンとキッドが対決する！
- 96話 追いつめられた名探偵！連続2大殺人事件
- マジシャンの死と大地主の遺産をめぐる事件をコナンが推理する！初の２時間スペシャル。
- 118話 浪花の連続殺人事件
- 平次の招待で大阪を訪れたコナンたちは連続殺人事件に遭遇。さらにコナンに危険が迫り･･･。
- 162話 空飛ぶ密室 工藤新一最初の事件
- 高校生探偵・工藤新一のデビューを飾った事件！ロスに向かう機内で殺人事件が起こり…。
- 174話 二十年目の殺意 シンフォニー号連続殺人事件
- 豪華クルーザーの旅で事件発生！乗客には元刑事と二十年前の事件の犯人と同じ名の乗客が…。
- 184話 呪いの仮面は冷たく笑う
- 世界各国の仮面が飾られた屋敷で惨殺された大物歌手。鍵のかかった寝室で一体何が？
- 208話 迷宮への入口 巨大神像の怒り
- 地元の反対を無視して巨大な天女像の下を掘って開通したロープウェイ。その開通式で…。
- 219話 集められた名探偵! 工藤新一VS怪盗キッド
- 新一と怪盗キッドの攻防の過去と、キッドの哀しい素顔の一部を明らかにするスペシャル編。
- 263話 大阪ダブルミステリー 浪花剣士と太閤の城
- 近畿剣道大会と大阪城で巧妙な殺人計画に遭遇！大阪を舞台にした２大殺人事件のスペシャル編。
- 304話 揺れる警視庁 1200万人の人質
- 爆弾予告の電話が鳴る！1,200 万人の東京都民を人質にとる犯人にコナンも刑事たちも怒りを燃やす。
- 342話 ハウステンボスの花嫁
- 大賀財閥跡継ぎの結婚式に出席する事になったコナンと蘭。だが、一族は結婚を快く思っていないという…。
- 356話 怪盗キッドの驚異空中歩行
- 鈴木次郎吉が怪盗キッドに叩きつけた挑戦状に、
なんと怪盗キッドからメールで返事が届いて…。
- 383話 甲子園の奇跡！見えない悪魔に負けず嫌い
- 高校野球を見に来たコナンと平次の足下で携帯電話が鳴る！男の声はゲームをしないかとささやく…。
- 1話 ジェットコースター殺人事件
- すべてのはじまりはこの事件！新一は、蘭と遊びに行った遊園地で黒ずくめの男たちの取引現場を見てしまう･･･。
- 54話 ゲーム会社殺人事件
- 黒ずくめの男たちの仲間らしい大男を見かけたコナン。しかし直後に大男が爆死してしまう！
- 128話 黒の組織１０億円強奪事件
- 銀行強盗事件に巻き込まれてしまったコナンたち。その裏側にはあの男たちの存在が見え隠れする…。
- 129話 黒の組織から来た女 大学教授殺人事件
- コナンのクラスに灰原哀という名の奇妙な少女が転校してきた。コナンは思いもかけない言葉を哀の口から聞く…。
- 176話 黒の組織との再会（灰原編）
- 哀が組織のメンバー・ジンの車を発見した。コナンは追跡をする途中で組織の暗殺計画を知る…。
- 177話 黒の組織との再会（コナン編）
- 黒の組織・ピスコに酒蔵へ監禁されてしまった哀。コナンは携帯電話で哀にパイカル酒を飲めと指示する。
- 178話 黒の組織との再会（解決編）
- コナンの指示でパイカル酒を飲み元のシェリーの姿になった哀。脱出を試みるシェリーを一発の銃弾が襲う…
- 230話 謎めいた乗客（前編）
- スキー旅行に行くための路線バスの中で、哀は黒の組織のメンバーの強烈なオーラを感じる…。
- 272話 隠して急いで省略（後編）
- 黒いニット帽の男に胸騒ぎを覚える蘭｡帰り道､コナンたちは『○×△』と血で書かれた封筒を抱える男を発見する…｡
- 279話 迷宮のフーリガン（前編）
- サッカーの試合を観戦した帰りの電車内で、コナンたちはノワール東京の熱狂的サポーター・赤野の悲鳴を聞く。
- 309話 黒の組織との接触（交渉編）
- 黒の組織と関わっていたと思われる板倉の日記が記されたＭＯの中身を見るために、コナンは阿笠博士の家に…
- 310話 黒の組織との接触（追跡編）
- ウォッカと板倉のソフトの受け渡しをすることになったコナン。途中、通りかかった車に乗せてもらうことになるが…。
- 311話 黒の組織との接触（決死編）
- ウォッカが指定したコインロッカーに先回りし物陰で見守るコナン。そこへ拳銃を手にしたジンが現れた。
- 341話 トイレに隠した秘密（後編）
- 哀の父・宮野博士の幼なじみである出島が毒殺された。哀は黒の組織の犯行ではないかと疑うが…。
- 345話 黒の組織と真っ向勝負 満月の夜の二元ミステリー
- "季節外れのハロウィンパーティー"への招待状が届く！
差出人は新一とコナンが同一人物であることに気づいているようなのだ…。
