- 高校一年生の網島ケイタは、都内に越してきたばかり。なかなか人と親しくできず、コミュニケーションが苦手だ。かねてから計画していた家出を実行するが、途中で工事作業機械の暴走事件に巻き込まれた事がきっかけで、滝本と、自らの手足で動き回る携帯電話と出会う。ケイタを助けたことで重傷を負った滝本とともに運び込まれた場所は増殖する非合法犯罪（サイバーテロ）を監視する集団「アンダーアンカー」の本部であった。そこで、意思を持つ携帯電話＝「フォンブレイバー」と共に、滝本のようなエージェント達がネット犯罪に立ち向かっていることを知らされる。重傷の滝本の変わりに「アンダーアンカー」のエージェントとなることを決意したケイタ。そして社会を蝕むネット犯罪との対決の日々が始まった―。
