少年探偵団や灰原と一緒に江戸川コナンは、東都スタジアムでサッカー観戦を楽しんでいた。一方、同時刻。突如、毛利探偵事務所に大規模爆破を予告する電話がかかってきた！ 小五郎を挑発するかのように、爆発する路上の自動車!! 阻止する方法は、ただ一つ。犯人が残した謎の暗号を解読することだ！ 目暮警部と共に小五郎と蘭は、米花市内を駆け廻るが、暗号に翻弄され一向に手掛かりは見つからない。追い詰められた蘭からの電話で爆破予告のことを知ったコナン（新一）は、暗号解読に乗り出す…。容疑者は、サッカー選手、サポーター、クラブオーナー、マスコミ業界…。サッカー界とは関連が深い面々だ。捜査が難航する中、再び小五郎の下に挑戦状が届く!! 次のターゲットはどこなのか？ 犯人はなぜ、小五郎を狙うのか？ 挑戦状に隠された暗号解読に成功するコナンは同時に「あること」を知る。それは、この事件に仕掛けられた恐るべき陰謀であった！