「太一が大人になると、ボクたち一緒にいられないの？」
「俺たちは、ずっと一緒だ」

太一とアグモンたちが出会い、デジタルワールドを冒険した夏から十年以上が経過した
2010年。
世界中の“選ばれし子どもたち”は徐々にその存在が認知され、現実世界にデジモンがいる風景も珍しくなくなっていた。
太一は大学生となり、ヤマトたちもそれぞれ歩むべき道を見定め、自身の進路を進み始めていた。
そんな中、世界中の“選ばれし子どもたち”の周囲で、ある事件が起こり始める。太一たちの前に現れたデジモンを専門に研究する学者・メノアと井村は、”エオスモン”と呼ばれるデジモンが原因だと語り、助力を求めてくる。
事件解決に向けて、太一たち選ばれし子どもたちが再び集結。
しかし、エオスモンとの戦いの中でアグモンたちの“進化”に異変が起こる。その様子を見たメノアは、太一たちに衝撃の事実を語る。

選ばれし子どもが大人になった時、パートナーデジモンはその姿を消してしまう――。

エオスモンの脅威は、次第に太一の仲間たちにも及んでいく。
戦わなければ仲間を救えない、しかし無理な戦闘はパートナーとの別れを早めていく事に。
ずっと一緒にいると思っていた。
一番大切な存在と別れてでも戦うのか？
“選ばれし子ども”が大人になるということ――。

変えられぬ宿命を前に、太一とアグモンの”絆”が導き出す、自分たちだけの答えとは？