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かつて地球侵略にやって来たマロン人の末裔・メール王子と従者のマール。長い年月の間に2人きりになってしまったメールとマールは、プリンセスを迎え、自分たちの世界を建て直そうと決意する。彼らがプリンセス候補に選んだのは、日向家の長女・夏美だったのだ! 深海の王国にさらわれた夏美を救うため、ケロロたちの夏美救出大作戦が始まった。だが、肝心の夏美は自分の存在を必要とされる喜びとお姫様生活の楽しさを満喫している。さらにメールたちは、故郷のマロン星と同じように地球を丸ごと海に変えようとしていた。果たしてケロロ小隊は無事に夏美を救出し、地球を守ることができるのか…?
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