第5話「デュエル・マスターの証」デュエル・マスターの証、ザキラの正体の手がかりを求めてドクター・ルートの研究所に向かう勝舞たち。ドクター・ルートはデュエル・マスターの証を預かり保管していた。ザキラを知るドクター・ルートは勝舞たちを巻き込みたくないと話すのをためらうが…そこにザキラの配下、バベルが迫る!!
第6話「闇眼」ドクター・ルートを逃すためバベルにデュエルを挑む龍牙。だがあえなく敗れ追い詰められるドクター・ルートとジョージ。師匠を守るためバベルとデュエルするジョージだったが、バベルの恐るべき能力、闇眼（やみまなこ）がジョージを追い詰める！ 果たして、ドクター・ルートたちは逃げ切れるのか!?