人も大地もそのほとんどを機械化してしまった惑星ラーメタル。生き残ったわずかな生身の人間たちも機械化人たちによって次々と捕らえられ機械化されていく…。機械化された女王ラー・アンドロメダ・プロメシュームは、自らの心が完全に機械になる前に愛しき2人の娘メーテルとエメラルダスをラーメタルから脱出させようする。一方、破壊されたはずの宿敵ハードギアが復活！ 姉妹は再び窮地に立たされる。惑星の果てまで逃げる2人はわずか人の心を残した女王から「銀河鉄道」の存在を知らされる。無限軌道から「銀河鉄道999」を召喚する女王プロメシューム…。果たして2人は悪魔の星と化したラーメタルから脱出できるのか？ 機械と化した女王と娘たちの愛は引き裂かれてしまうのか？ そして今、宇宙の彼方からあの列車がやってくる…。