メイクーモンの暴走、そして、起きてしまったリブート。苦悩する芽心を残し、太一たちはデジタルワールドへと向かった。再会したパートナーデジモンたちは、今までの記憶をすべてなくしている。それでも再び絆を築いていこうと、手を差し出す選ばれし子どもたちと、応えるデジモンたち。ところが、ピヨモンだけが、成長期に進化してもなお警戒心をあらわにする…。自分のことよりも先に他人を思いやる空の優しさに、かえって不信感を抱いたのだ。傷つき立ちつくす空に、太一とヤマトはかける言葉を見つけられない。デジタルワールドでこの先どうすべきか――。相談していた一同の前に、突如メイクーモンが姿を現し、そして消えた。なぜか元の記憶を残し、芽心を探し涙を浮かべさまよいながら――。その姿を見て、子どもたちはメイクーモンを救うためにデジタルワールドを旅する決意を固める。その頃、現実世界の西島は、姫川が失踪したとの報せを受けていた。調査する彼は、姫川のこれまでの行動の裏に、ある目的が隠されていたことを突き止める。それは、二人の運命を決定づけた過去の出来事へとつながっていた…。