東京の街を一望できる高さ653mを誇るベルツリータワー。そのオープニングセレモニーに参加していたコナンたちは、展望台からの絶景を楽しんでいた。その時、一発の銃弾がガラス窓を突き破り、男の胸を撃ち抜く！ あまりに一瞬の出来事に何が起こったかわからずパニックになる蘭と少年探偵団たち。すぐさま犯人追跡メガネをズームさせ銃弾の軌道先に黒い影を見つけたコナン。「ありえない距離からの狙撃、まさか――！」 コナンは逃走するスナイパーを女子高生探偵の世良真純と共にバイクで追うが、警察のパトカーもろとも容赦なく爆破しようとするスナイパーとのチェイスに翻弄されてしまう。やがてその激しいチェイスはFBIをも巻き込み、犯人、そして狙撃事件の謎は海の中へと消えていった――。コナンと世良、そして警察とFBIがタッグを組んで捜査を始める中、やがて浮かび上がったのは、海軍の特殊部隊「ネイビー・シールズ」の存在。この狙撃事件は、これから起こる大パニックの“第一ポイント”にしかすぎなかった！ そしてその裏では同時に、謎の大学院生・沖矢昴も静かに動き始めていた――。