伝説の忍者たちとあえる!? 「夢の忍者ランド」からの招待状が届き、ウキウキで出発したニンニンジャーの6人。しかし、彼らが乗ったのはなんと「妖怪烈車」だった！ 妖怪ワニュウドウが見せるまぼろしで、天晴たちはおかしな世界へ迷い込んでしまう！ そこへ現れたのは、かつて、世界を闇で包もうとした悪の路線・シャドーラインを倒した烈車戦隊トッキュウジャーだった。彼らによれば「夢の忍者ランド」は、ほんとうは「闇忍者ランド」。シャドーラインの生き残りで大の忍者マニアである闇博士マーブロが、伝説の忍者の「闇クローン」を作るため、ニンニンジャーをおびき出したのである。つかまってしまった天晴＝アカニンジャーが闇のオーラに包まれ、そこからハイブリッド忍者「闇アカニンジャー」が生まれた！ 忍タリティを吸収された天晴はこのままでは消えてしまう…。今こそ、2大スーパー戦隊が力を合わせるとき！ 忍タリティとイマジネーションで、世界を闇から守りぬけ!!