最近、帰りの遅い姉のナツメを怪しんでいる、ケースケ。ナツメの後を追い、たどり着いた先で出会ったのは、なんと妖怪…!? ナツメやトウマ、アキノリの3人は、妖怪探偵団を結成していたのだった。幽霊やUFO、ましてや妖怪など信じないケースケは、思わずその場を飛び出してしまう。一方、ナツメたちは、怪奇サイト「うすらぬら」で話題になっている、“亡霊番長”について調査を進めることに。路地から悲鳴が聞こえ、駆けつけてみると、少年が亡霊番長に追い詰められていた！ ナツメは「妖怪ウォッチ エルダ」でジバニャンを召喚して戦う。その様子を物陰から目撃していたケースケは、亡霊番長を見て、あることに気づく。