桐生戦兎が創った新世界では、人体実験を受けた者にだけ旧世界の記憶が蘇っていた。そして、記憶が蘇った者の中には、新世界を『科学の力＝兵器』によって支配しようと企む者が現れた。彼らの名は「ダウンフォール」。ライダーシステムを利用しようとするテロリスト集団だった。「ダウンフォール」は、ライダーシステムを採用した政府官邸を急襲する。政府高官を務める氷室幻徳は、仮面ライダーへの変身を封じる不思議な力を操る敵に一方的にやられてしまう。さらに、その魔の手は戦兎、万丈、そして一海のファームにまで及び、ライダーシステムを奪われてしまう。さらにホワイトパネルも狙われた上、美空が人質として襲撃されてしまう。それでも諦めない男たちがいた。世界一美空を愛する一海と、そのカシラを支える三羽ガラスだ。彼は反撃を開始する！ 美空を救出するには、唯一変身能力を奪われなかった一海が、強敵を超える“変身”を遂げるしかない。 “変身”を実現するためのアイテムを創るには、三羽ガラスが持つ特殊な成分を抜き取る必要がある。ところが、その実験は、彼らの命を奪う可能性があるものだった―。