時は19世紀末。古くから続く完全階級制度により、上流階級の者たちに支配された大英帝国。モリアーティ伯爵家の3兄弟は、新たな領主としてダラムの街へ移り住むが、この地にも根深い差別意識が生み出す“悪”が蔓延っていた。ウィリアム・ジェームズ・モリアーティは、犯罪相談役（クライムコンサルタント）として、腐敗に満ちた社会に変革をもたらしていく――。ロンドンの探偵シャーロック・ホームズは、アイリーン・アドラーという女性の調査を依頼される。一方、シャーロックの兄マイクロフトは、アイリーンが手に入れた機密文書の奪還と彼女の抹殺をアルバートに命じる。国家を揺るがす文書と謎多き女アイリーンの存在が、犯罪を仕立てるウィリアムと、犯罪を暴くシャーロックの運命を近づけていく……！