人理継続保障機関・カルデアにマスター適正を見込まれ招聘された藤丸立香。彼は初めて訪れたカルデアの施設内で、物静かな少女マシュ・キリエライトと出会う。魔術の素養がなく、最初の任務から外されてしまう藤丸だったが、その任務中に他のマスター候補者やマシュをはじめとしたスタッフの多くが大事故に巻き込まれてしまう。気を失った藤丸が目を覚ました場所――そこは、かつて聖杯戦争が行われた地、2004年の冬木だった。更に、彼の眼前には身の丈ほどもある盾を構えた少女―サーヴァントとなったマシュ・キリエライト―が現れる。“グランドオーダー”へ至る最初の指令――“ファーストオーダー”がここに発令される。