ついにリアルワールドに帰ってきたナオキ。ケント達はパーティーを開くが、ナオキは元気がない。洗脳されていたとはいえ、ケントを苦しめたナオキは、ケントに「あわせる顔がない」のだという。一方マジカルゲートでは、グラディオンがドラグオンを倒したにも関わらず、コスモエリアが元に戻らない。また、回収したドラグオンのデータもなぜか消えかかっており、このままでは閉じこめられた子供たちも戻って来られない。ドラグオンを復活させるため、ケントの説得でナオキは再びウェブダイバーとなる決心をし、共にコスモエリアへダイブする。だがドラグオンはナオキの呼びかけにも反応せず、眠ったまま。そこへドラグオンの復活を阻止すべく、巨大なデリトロスが現われた。グラディオン・チームも全員で迎え撃つが、全く歯が立たない。ナオキは、なかなか目を覚まさないドラグオンに、悔し涙を流すのであった…。