マジカルワクチンを完成させるため、ワールドリンク管理局では最後の追い込みに入っていた。だが、街中の時計が狂いだし、管理局ではタケト、有栖川博士ら局員がみんな子供になってしまった！ 「時の神」を自称するダイタリオンの仕業で、時間が逆行してしまったのだ。また、各エリアをパトロール中のグリフィオンたちは、巨大な斧に襲われる。ケントはマジカルゲートにダイブしタイムエリアに向かうが、そこにいたのはグラディオンより遥かに小さいウェブナイト「タイタン」であった。それを見てバカにするケントだったが、タイタンのスピードはグラディオンを遥かに上回り、グラディオンは巨大砂時計に閉じ込められてしまう！ 子供になった博士やタケトは、ゲーム等で遊んでばかりだが、アオイは彼らをなんとか説得してマジカルワクチンを完成させるよう促す。はたしてマジカルワクチン完成は間に合うのか!?