ケントが小さいとバカにした「タイタン」は、巨大なウェブナイト「ダイタリオン」の頭部にすぎなかった！ ダイタリオンはマジカルワクチンをいとも簡単に消滅させる。更にはグラディオンにも大きなダメージを与え、ケントは強制的にウェブアウトしてしまった。ケントからダイタリオンの強さを聞いていたナオキに、ドラグオンから連絡が入る。グラディオンの最強のパートナー「ワイバリオン」を探さねばならないという。ドラグオンによると、ワイバリオンとグラディオンが合体すれば、あのダイタリオンと互角に戦えるというのだ。眠りについたままマジカルゲートを漂っているワイバリオンを捕まえるため、ケントとナオキはジュラシックエリアへ向かった。恐竜に襲われるケントたちをドラグオン、ジャガオンが助ける。カロンの計算通り、ワイバリオンはジュラシックエリアに現われるが、ドラグオンやジャガオンを敵だと勘違いしており、味方同士で戦う羽目になる。そこへグラディオンが到着するが、2体のウェブナイトは本当に合体できるのだろうか？