ダイバーランド爆発まであと6時間と迫った。タイムエリアではグラディオン・チームと、「時の神」ダイタリオンとの戦闘が始まる。さらにショウがウェブダイブするぺガシオンとツバサがウェブダイブするライガオンが現れ、ダイタリオンと合体し「ダイタリオン・プライム」となる。ダイタリオン・プライムの発するビームに弾き飛ばされるビクトリーグラディオン。一方、マジカルゲートにダイブしていたケントの父タケトは、たどりついた「時の神殿」の中でカイトに再会した！ グラディオンたちはケルベリオン・オルトリオンの助けで危機を脱出し、一気に決着つけようとする。だが、グランブレードがダイタリオンの脳天を割ろうとした瞬間、グラディオンが動きを止め、ケントは何のことか分からないまま強制的にリアルワールドに戻されてしまう。グラディオンは、ダイタリオンの体の中にケントの父タケトと弟カイトが囚われているのを見たのだ。