≪Dアーマー≫は、秘密裏に存在する国連の傘下機関だ。地球に散在する“エターナルコア”が≪機械恐竜帝国≫の手に渡らないように武装化した恐竜を操縦できる10代のリンカーを養育し、実際の戦闘に投入させる。≪Dアーマー≫の司令官・チョルは、“赤竜”の永い眠りを覚ましたジンの姿を見て、“赤竜”とのリンク（交感）テストを行わせる。しかしテストの結果は不合格。悔しさを抱えて「Dアーマー・アカデミー」を飛び出すジン。ところが≪Dアーマー≫の最高リンカーであるセナが“赤竜”とのリンクテストを受けている最中、“赤竜”が突然暴れ出しジンを追いかける。暴走する“赤竜”にセナが襲われそうになったとき、ジンが割って入り“赤竜”を鎮めたのだった。それを見たチョルは、「Dアーマー・アカデミー」にジンを特例入学させることを決める。