2045年。第三次世界大戦を経てその勢力を拡大していた東亜共和国連邦（東連）では、より一層その覇権主義を推し進めるべく、今まさに巨大海洋施設「ポセイドン」が完成しようとしていた。その東連の総督・マオの片腕であり、東連国防軍諜報部第一小隊WASP隊長であるシヴァより、参謀の福丸環と第五小隊SPIX隊長である舞龍は新たな指令を受ける。さらにWASPの副隊長であるガネーシャらも彼らと共に任務に就くことに。日本の機密機関である国家特別防衛課＝トクボウの秘密基地・NESTでは、そんな東連に対抗すべく各地から招集されたスパイ＝クロウ達が日々訓練に明け暮れていた。彼らは、忍者の里から預かってきた魔法の石「起源石」を体内に埋め込む特殊な手術「輪廻」と、彼らの教官で忍者の末裔である神楽瑠唯による最終訓練「禊」を無事に潜り抜け、晴れてCOLOR CROWとなった。そこに、敦賀に代わり新長官となった天王寺亘が部下の八神優斗を連れNESTを訪れる。天王寺は、かねてよりトクボウの存在意義に疑問を持っていた。そのためワザと難しい試練をクロウ達に与え、司令官である椿泰親に引責辞任を迫ろうと企んでいたのだ。その天王寺からの初指令は「東連へ潜入し、極秘に進められている国際法に違反する研究の証拠を集め、それをSTOPさせろ」と言う任務だった。