秀吉が将棋の勉強会をしているというマンションを訪れたコナンと由美は、そこで参加者の一人である源田安清が殺害されているのを発見する。傍には脚が二本切られた将棋盤があった。部屋の鍵は開いており、他の参加者である勝又水菜、瓜生祥子、菱沼浩輔が買い物に出ていた隙に、何者かが侵入した、もしくは三人のうちの誰かがこっそり戻ってきて犯行に及んだと考えられた。しかし、三人は「ついさっき買ってきた」と主張できるものがあった。警察は、先日起こった八百長疑惑で失踪中だった錦戸公春棋士が遺体で発見された事件の現場に、脚が一本切られた将棋盤が残されていたこともあり、連続殺人の線も考え始める。