2045年。全ての国家を震撼させる経済災害「全世界同時デフォルト」の発生と、AIの爆発的な進化により、世界は計画的且つ持続可能な戦争“サスティナブル・ウォー”へと突入した。だが人々が、AIによる人類滅亡への危機を日常レベルで実感できるまでには衰退の進んでいない近未来――。電脳社会に突如出現した新人類“ポスト・ヒューマン”による電脳犯罪を阻止すべく、総理の密命により再び組織される公安9課。日本においてポスト・ヒューマンに覚醒したとされるシマムラタカシの捜索中に失踪したトグサを追い、全身義体のサイボーグ・草薙素子率いる公安9課は、先の大戦で廃墟と化した東京へと向かう。そこで草薙たちを待ち受けていたのは、自らを「N」と名乗る難民集団と、強襲するアメリカの特殊部隊だった。奪取された原子力潜水艦による核大戦の危機が迫るなか、公安9課、アメリカ、ポスト・ヒューマンによる三つ巴の戦闘が激化していく――。