共和国の首都、ニューヘリックシティは、首都陥落の危機を乗り越えたお祝いで賑わっていた。大混雑から人気のない路地裏へと抜け出たバンとジークは、帝国軍人のロカイと出会う。ロカイは捕虜で、脱走したところを共和国の軍人に追われているのだった。共和国軍人に襲われそうになったロカイを逃がしてやるバン。だが、そんなバンに「余計な事を」と言うアーバイン。そこへ、捕虜を逃がしたバンを追って共和国の軍人達が現れる。間一髪、ディに助けられたバン達は、国立考古学研究所に連れていかれる。研究所内の展示場にはなぜかディにそっくりの肖像画が…。ガリル遺跡を目にしたフィーネにも異変が起こる。だが、安心したのもつかの間、バン達は再び共和国軍の手に。牢に入れられたバン達の前に現れた共和国大統領は、何とハーマン大尉の母親だった！その頃、共和国の町で爆発音が。脱走したロカイが共和国のゾイドを奪って町中で暴走していたのだ…！怒りに震えるバンは、ジークと共にロカイを追うが…。