共和国軍と帝国軍の戦争が集結して2年。逞しく成長したバンは、共和国軍のクルーガー大佐の元でゾイド乗りとしての訓練を受けていた。一方、フィーネはドクター・ディの教育を受け、優秀な助手として働きながらゾイドイヴの謎を追いつづけていた。そんなある日、共和国ルイーズ大統領の元に、帝国皇帝ルドルフから緊急通信が入る。地中を高速移動する未確認物体に帝国軍の軍事施設が攻撃されたという。その未確認物体が共和国に進入したと聞き、驚く大統領。共和国軍のシミュレーション・テストに合格したバンは、ジークを連れて故郷のウインドコロニーに戻る。父親の墓参りに行ったバンは、そこでヒルツという謎の少年と出会う。家に戻ったバンは、遺跡調査中のフィーネ達と偶然出会い合流するが、そこに正体不明のステルスバイパーが襲いかかってきた。撃退するバンだが、どうやらそのゾイドは帝国・共和国を問わず攻撃を仕掛けているらしい。ルドルフとルイーズはバンに、こうした辺境地での不穏な動きを調査する任務を命じ、バン・フィーネ・ジークは再び旅に出ることになる。