共和国辺境の町、サントコンクで古代遺跡が発掘された。オコーネル大尉達は、ゾイドイヴの手がかりなるのではと、期待に胸を膨らませる。だが、その夜、サントコンクにいる全てのものが正体不明の黒い影に襲われてしまう…！一方、サントコンクに向かうバン達は、オコーネル大尉と連絡が取れず、困惑していた。「町に人の姿が見えない…」双眼鏡を覗くフィーネの前に不意に現れたゴドス！フィーネはゴドスに片腕を捕らえられてしまう。フィーネを助けようとするバンの脳裏に、バンの打った弾丸が逸れ、フィーネもろともゴドスが炎に包まれる映像が入り込んでくる。躊躇してトリガーを引けずにいるバンに代わって、ジークがフィーネを救出する。チャンスを逃さずゴドスを倒すバン。だが、バンの心に不安が過ぎる。「どうして無人のゾイドが…それにあの映像は…？」慄然とするバンを古代遺跡から見つめる影の人物。その隣には青いオーガノイドが。サントコンクはこの謎の人物、リーゼに捕らわれていたのだ。リーゼは青いオーガノイド、スペキュラーを伴い、バンとフィーネに幻視を見せ、罠にかけたのだった。バンはオーガノイドの力で巨大化したダブルソーダと戦う。