遂に覚醒したジェノブレイカー。軍は壊滅し、アーバインも負傷してしまう。ゾイドコアを破壊され、部分的に石化したコマンドウルフは、為す術もなく、最期の時を迎えようとしていた。アーバインは、コマンドウルフの最期を見届けようと、病院を抜け出す。その頃、帝国軍の下、ディが密かに開発を進めていたライトニングサイクスが完成する。その性能は未知数だというライトニングサイクス。その能力は、操縦士をも気絶させる程のものだった。一方、共和国大統領、ルイーズがヒルツにさらわれる。ルドルフからその事を知らされたバンは、トーマと共に大統領捜索に赴く。最期の時が迫ったコマンドウルフを見つめるアーバインの元に、ディがやって来る。メモリーバンクの故障で戦闘データを失ったライトニングサイクスに、コマンドウルフのそれを移植しようというのだ。移植が成功すれば、コマンドウルフの頭脳は、ライトニングサイクスの中で生き続けることになる。ムンベイ等に説得されたアーバインは、移植を承諾する。折しもその頃、ルドルフらのいる帝国会議館がヒルツらに襲撃されていた…！