ウルトラザウスが覚醒するまでの間、何とかデススティンガーの襲撃に耐えようとするバンとアーバイン。デススティンガーが荷電粒子砲を発射した危機一髪のその瞬間、ストームソーダーがブレードライガーとライトニングサイクスを掴み、上空へと飛び上がる。ストームソーダーに連れられ、航海中のウルトラザウルスに向かうバンとアーバイン。バン達はそこでハーマン達と作戦会議を練る。敵の襲撃に対し、ほぼ丸腰状態のウルトラザウルスの武装強化の為、帝国軍の秘密工場へと向かうというハーマン。帝国軍は共和国軍の依頼で、史上最大、最強を誇る巨砲、グラヴィティカノンを開発していたのだ。この重力砲がウルトラザウルスに装備されれば、最強のゾイドが誕生する。一同の期待はグラヴィティカノンに集まる。ウルトラザウルスが海路を決めている最中、アンビエントが機関室に侵入する。と同時に、上空に複数のシンカーが現れ、ウルトラザウルスを攻撃する。直ちに出撃、応戦するバン達。だがその頃、帝国軍の秘密基地も総攻撃を受けていた。さらに、ウルトラザウルスには海中よりもデススティンガーの影が迫る…！