ガルズオルムとの最終決戦――プロジェクト・リザレクション――を完遂したセレブラントたちは、世界各地の残存部隊との戦いを続けていた。セレブラントとして舞浜サーバーを守った「ソゴル・キョウ」は、雪が降りしきる冬の舞浜で目を覚ます。「ずっと夏にいた気がする……」記憶の欠損に困惑するキョウだったが、そこに新たな脅威・オルタモーダが出現する。自らをヒカリタツモノと名乗る「ハル・ヴェルト」はサブスタンスシェイドと呼ばれる未知の能力で襲ってくる。AI「ルーパ」の助けにより、これまでの記憶をダウンロードしたキョウは光対装備で対抗することになるが、これは互いの世界と存在をかけた戦いのほんの序章に過ぎなかった……。