前作『ニンジャバットマン』で戦国時代の歴史改変を食い止め、現在のゴッサム・シティに戻ったバットマン・ファミリー。しかし、次の日、彼らは驚愕の事態を目にする。日本列島が消失し、ゴッサム・シティ上空に「ヒノモト」と呼ばれる巨大な島が現れたのだ。やがて、上空から無数のヤクザが降下し、ゴッサム・シティの人々に襲いかかる。さらには、彼らを守るべきヒーローチーム“ジャスティス・リーグ”も消息を絶ったというのだ。いったい、世界に何が起こったのか。上空に特殊なエネルギー反応を感知したバットマンは、真相究明のためヒノモトへ向かう。そこには、ヤクザがヤクザを支配し、血で血を洗う究極の仁義なき世界が広がっていた。そして、その頂点に君臨するのは、いなくなったはずのジャスティス・リーグの面々と姿も能力もうり二つの、「ヤクザリーグ」の超人たちだった。ゴッサム・シティに攻撃を仕掛けてくるヤクザリーグを相手に、バットマンの必死の反撃が始まる！