ある日地球は突然攻撃を受けた。宇宙のはるか彼方からプリンス・ザルドス率いる“ボアザン帝国”の軍が攻めてきたのだ。これまでに見たこともない兵器の数々に、地球側の反撃は全く歯が立たない。その圧倒的な戦況にありながら、プリンス・ザルドスは勝利を確実なものとするため、強力で巨大な戦力である獣型ロボット“ビースト・ファイター”を繰り出した。その頃、地球の前線基地・ビッグファルコンには、スティーヴ、ビッグ・バート、リトル・ジョンのアームストロング3兄弟とマーク・ゴードン、ジェイミー・ロビンソンの5人が集められていた。目的を告げられずに訓練に参加させられていた5人は、その時に初めてこれまでの訓練がボアザン星人と戦うためのものだったことを知る。スティーヴたち5人は、3兄弟の母でもあるマリアンヌ博士らの指示のもと、密かに製造されていた5機のマシンに乗り込み出撃した。クロウ・ブーメランやボンバー・ミサイルといったマシンの武器は、ボアザン星人の兵器を打ち破ることに成功する。しかし、屈強なビースト・ファイターには歯が立たない。その時にビッグファルコンの司令官・スミス博士から合体するよう指令が下る。「レッツ・ボルトイン！」のかけ声で合体した5機のマシンは、巨大な人型ロボット“ボルテスV”となった。ボルテスVが持つ特殊な超電磁テクノロジーを活かした様々な武器、そして天空剣を握り、スティーヴたちは果敢にビースト・ファイターに挑んでいく。果たしてボルテス・チームの5人は、地球を守ることができるのか――