U.C.0105、シャアの反乱から12年——。
圧政を強いる地球連邦政府に対し政府閣僚の暗殺という方法
で抵抗を開始した「マフティー」。
そのリーダーの正体は、一年戦争をアムロ・レイと共に
戦ったブライトの息子、ハサウェイ・ノアであった。
不思議な力を示す少女ギギ・アンダルシアにかつての
トラウマを思い出すハサウェイ。
彼女の言葉に翻弄されながらもマフティーとしての目的、
アデレード会議襲撃の準備を進めるが……。
連邦軍のケネス・スレッグは自ら立案したアデレード会議の
支掩作戦とマフティー殲滅の準備する中、刑事警察機構の
ハンドリー・ヨクサンから密約を持ちかけられる。
そして、ハサウェイ、ケネス、それぞれが目的のために
動く一方で、ギギもまた自分の役割のために
ホンコンへと旅立つ。