時に西暦2207年――。突如、太陽系に謎の巨大物体が侵入を果たす。幾重もの防衛網を易々と突破し、巨大物体――〈グランドリバース〉は悠然と首都に降下を果たした。音も無く出現する降下兵の群れ。恐れていた事態、かつてガミラス本星を破壊したデザリアムの地球侵攻が始まったのだ。瞬く間に制圧されてゆく首都。戦渦の中で再会を果たす古代進と森雪。だが脱出のさなか、古代は彼女を永遠に失ってしまう……。地球を逃れた旧ヤマト艦隊クルーは、指定された座標を目指す。イカロス天文台。そこに新たな姿となった宇宙戦艦ヤマトが待っているのだ。デザリアムの聖総統スカルダートが地球人類に語る、驚くべき彼らの正体と目的。地球の命運を賭けて、かつてない未踏の時空へのヤマトの航海が始まる。