遂に新都湾岸部にデザリアムの巨大移動要塞〈グランドリバース〉が降着した。地球を制圧したデザリアム・聖総統スカルダートは「われわれはあなたです」と人々に1000年に及ぶ歴史を説く。彼らは破滅へと向かう地球の未来を変えるため“イスカンダルの欠片”を探していた。驚くべきことに、彼らは“敵”ではなかったのである!! 一方、旧ヤマト艦隊クルーは、新生・宇宙戦艦ヤマトが待つイカロス天文台へと到達していた。しかし森雪を失った古代進は、失意のあまり指揮できる状態にはない。デザリアムのアルフォン少佐の手で、愛する雪が介抱されていたとは知る由もなく……。果たしてデザリアムとは何者なのか!? その本当の目的とは!? 全ての謎の答えを求めて、いまヤマトが発進する!!